Klaus Iohannis nu a scăpat de problemele penale chiar dacă a ajuns la palatul Cotroceni în 2014. Prescrierea faptelor a fost înghețată în momentul în care Iohannis a depus jurământul în calitate de președinte. Șeful statului ilegitim a fost declarat incompatibil în 2013 de către Agenția Națională de Integritate, după ce a semnat mai multe contracte pentru Forumul democrat German.
Mai multe anchete jurnalistice au scos la iveală rețeaua de influență a locatarului de la Palatul Cotroceni, după ce a retrocedat monumentele de patrimoniu ale orașului Sibiu. Corpul de Control al Guvernului a făcut verificări în 2010 la Sibiu, după ce Autoritatea Naţională de Restituire a Proprietăţilor a constatat nereguli.
În anul 2010, Klaus Iohannis a fost şi primar şi preşedinte al Comisiei de retrocedări a municipalităţii. Atunci au fost retrocedate numeroase clădiri şi terenuri, între care Palatul Brukenthal, Filarmonica, sediul Inspectoratului şcolar, şcoli, grădiniţie, toate în favoarea Forumului Democrat German, prin Consistoriul evanghelic.
Retrocedarea unui ansamblu imobiliar din centrul Sibiului, aflat pe strada Magheru 1 – 3, către Forumul Democrat al Germanilor din România – FDGR este un caz revoltător. Acest impozant imobil situat în centrul oraşului este un monument istoric renovat din bani publici şi a fost revendicat în instanţă în 1993, unde s-a invocat că FDGR ar fi succesorul de drept al unei fundaţii de caritate care a funcţionat până la instaurarea regimului comunist. Nu există absolut niciun act la dosarul de retrocedare depus în instanţă care să probeze faptul că FDGR are dreptul juridic de a fi declarat oficial continuatorul acestei fundaţii. Primăria Sibiu şi Consiliul Local nu au întreprins niciun demers pentru a apăra domeniul public al sibienilor, iar oamenii lui Iohannis au susținut în instanţă că nu se opun acestei retrocedări. Acest imobil a fost rechiziţionat de Grupul Etnic German, organizaţie hitleristă care a funcţionat în România, între 1940 şi 1944. Conform unui Decret Regal din 8 octombrie 1944, consfinţit prin documente internaţionale după cel de-al doilea război mondial, statul român a devenit proprietarul clădirii. Toate legile interne şi internaţionale din 1945 încoace statuează că imobilele care au aparţinut organizaţiilor fasciste, hitleriste sau colaboratoare ale regimului nazist sunt confiscate şi trec în proprietatea statului. Aşa s-a întâmplat şi cu imobilul din str. Magheru 1-3 care a fost naţionalizat de drept şi nu abuziv înainte de 6 martie 1945. Cu toate acestea, monumentul istoric a ajuns în proprietatea FDGR, iar statul a fost păbubit cu milioane de euro.
Klaus Iohannis a semnat în 2024 o serie de decrete de decorare a unor reprezentanţi ai Forumului Democrat al Germanilor din România, între care se numără preşedintele FDGR, Paul-Jurgen Porr.
Klaus Iohannis a fost implicat în Afacerea aeroportul Sibiu. Peste 100 de milioane de euro au fost investite degeaba într-o lucrare neconformă. Firma germană Max Boegl, care a primit lucrările, a fost favorizată şi pentru construirea şoselei de centură a Sibiului, au scris jurnaliștii în momentul în care aceste afaceri se derulau cu semnătura lui Iohannis.
Președintele ilegitim a făcut investiții doar pentru evenimentele culturale desfășurate în 2007 în cadrul Capitalei Culturale Europene. Cea mai spectaculoasă investiție – de aproape un milion de euro – fiind făcută într-un cort din Germania, închiriat iniţial, cumpărat în final. „Investiţia” a avut utilitate exclusiv în 2007. De atunci până în ziua de azi cortul este depozitat şi neutilizat, pentru că nu are niciun aviz de utilizare ISCIR. Aceeaşi situaţia este valabilă și pentru scenele de spectacol cumpărate în 2007, pentru care nu există documente legale de folosinţă.
Anul trecut, Klaus Iohannis a pierdut două dintre imobilele deținute în Sibiu, iar familia lui Iohannis trebuie să restituie banii din chirii, astfel trebuie returnați 260.000 de euro.
Imobilul a aparținut soției președintelui, Carmen Iohannis.